A poco tiempo de principiar a estudiar sobre tan buenos principios se volvió a su patria, lleno, mas de vanidad que de pintura. No lo creyeron así sus amigos y parientes, que le proporcionaron muchas obras. Entre estas no fue la de menor consideración la mayor parte de los cuadros de la vida de san Francisco [ [[Nacimiento_de_San_Francisco_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Nacimiento de San Francisco'']], ] para el claustro de su convento, que pintó ayudado de estampas, poniendo en todos ''Alfaro pinxit'' con sobrada presunción.
Resentido Castillo, su primer maestro, de verse pospuesto en aquella obra a un discípulo tan tierno, solicitó pintar un lienzo para el mismo claustro, y habiéndolo conseguido, escribió al pie ''non pinxit Alfaro'', lo que fue muy celebrado en la ciudad, y quedó en proverbio entre nuestros profesores.
Pintó entonces don Juan el cuadro de la [[Encarnación__Anunciación__-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|A poco tiempo ''Encarnación [ Anunciación ]'']] para el oratorio de principiar a estudiar sobre tan buenos principios se volvió a su patrialos carmelitas descalzos, llenoel retrato del obispo don [[Juan_de_Alarcón_-_Alfaro_y_Gámez, mas _Juan|''Juan de Alarcón'']] y los de vanidad sus [[antecesores_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''antecesores'']], que copió de pinturaotros, para colocar en su palacio, en donde existen; y habiéndose casado con doña Isabel de Heredia, volvió con ella a Madrid. No lo creyeron asà sus amigos y parientesAquí pudo conseguir pintar el cuadro del [[Ángel_de_la_guarda_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Ángel de la guarda'']], que le proporcionaron muchas obras. Entre estas no fue está en la primera capilla a mano izquierda de menor consideración la mayor parte iglesia de San Isidro el real [ Colegiata de los cuadros San Isidro el Real, antiguo Colegio Imperial e iglesia de San Francisco Javier de la Compañía de Jesús, en la vida calle de san Francisco Toledo ], y algún otro [ [[Nacimiento_de_San_FranciscoAsunción_de_la_Virgen_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Nacimiento Asunción de San Franciscola Virgen'']],]] para ; pero enfadado por el pleito que se había suscitado sobre cargar a los pintores con el claustro repartimiento de su conventoun montado, pasó a ser administrador de rentas en diferentes partidos; y luego que supo que pintó ayudado el arte de la pintura había ganado se restituyó a Madrid a casa del regidor don Pedro de estampasArce, poniendo en todos ''Alfaro pinxit'' con sobrada presunciónaficionado a las ciencias y a las bellas artes.
Pagóle el hospedaje con retratos de este caballero, [ [[don_Pedro_de_Arce_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''don Pedro de Arce'']] ] de su mujer [ [[Antonia_Arnolfo_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Antonia Arnolfo'']] ], y de algunos [[poetas_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''poetas'']] y [[escritores_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''escritores'']] que concurrían a su casa, y con varios cuadros [ [[Isabel_Díaz_de_Morales_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Isabel Díaz de Morales'']] ] que le pintó, copias y originales, incluso el retrato de don [[Pedro_Calderón_de_la_Barca_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Pedro Calderón de la Barca'']], que se colocó sobre su sepulcro en la parroquia de San Salvador de Madrid [ en la plazuela de la Villa ].
No fue Arce su único protector: el Almirante de Castilla, conocido entre los artistas más por su copiosa colección de pintura que por sus dictados, le nombró su pintor y le honró con su amistad y confianza. Con su licencia volvió a Córdoba por haber enviudado a consolarse con sus amigos, donde animó a don Antonio Palomino a venir a la Corte a perfeccionarse en la pintura, ofreciéndole su recomendación, que no quiso aceptar por estar estudiando teología.
Por este tiempo Alfaro pintó en Córdoba algunas obras públicas y [[privadas_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''privadas'']]: el monumento [ [[Beso_de_Judas_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Beso de Judas'']], [[Ecce_Homo_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Ecce Homo'']], [[Pelícano_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''Pelícano'']] ] de aquella santa iglesia [ catedral ] y el retrato del [[obispo_don_fray_Alonso_Salizánes_-_Alfaro_y_Gámez,_Juan|''obispo don fray Alonso Salizánes'']]; pero a poco mas de un año de estar allí comenzó a adolecer del pecho con hipocondría, que le obligó a retornar a Madrid en 1680, cuando el Almirante ya había vuelto de su destierro, quien no se dejó ver de su pintor por más instancias que le hizo para ello. Este sentimiento, y verse sin tener que trabajar le aceleró la muerte, acaecida en noviembre de ese mismo año, y fue enterrado en la iglesia de San Millán [ en la calle de Toledo, ayuda de parroquia de San Justo ].