Volvieron a nombrarle mayordomo en 63, pero se desitió en 11 de febrero por varias disputas originadas por su genio dominante. Para acallarle le nombraron presidente en 25 de noviembre del propio año, cuyo honorífico empleo obtuvo hasta 30 de octubre de 66, en el que hizo desistimiento formal y por escrito, también por su carácter orgulloso. En este periodo de su presidencia sucedió aquel pasaje del pintor tunante que cuenta Palomino; pero no siendo protector el marqués de Villamandrique, sino el conde de Arenales, que lo fue hasta el año 70 que falleció, y luego le sucedió el marqués. Habiendo el tunante obtenido licencia del protector, que Valdés le había negado como presidente, se sentó a dibujar en la academia, y manchando el papel con carbón, y determinado con una miga de pan sobre el oscuro los contornos, claros y medias tintas de la figura, despachaba con suma facilidad y blandura tres figuras cada noche. Fue grande la sorpresa de los concurrentes al ver un modo de dibujar tan nuevo y al parecer tan fácil; pero don Juan que se preciaba de muy expedito en el dibujo, no pudiendo sufrir los elogios que hacían al forastero, y no le dejó dibujar más de cuatro noches. Picado este del desaire, pinto un [[crucifijocrucifijo_-_Valdés_Leal,_Juan|''crucifijo'']] y [[un_san_Sebastiánun_san_Sebastián_-_Valdés_Leal,_Juan|''un san Sebastián'']], que puestos en las gradas de la catedral en un día de mucha concurrencia, merecieron ser muy celebrados de los inteligentes: a la verdad con justicia, pues estaban pintados con valentía. Valdés tuvo esta acción a desprecio de los pintores de la academia, y montando en cólera buscó al tunante, y a no haber salido huyendo precipitadamente de la ciudad, después de haber vendido a buen precio los dos cuadros, hubiera sucedido una desgracia muy funesta. Después que don Juan hizo renuncia de la presidencia no volvió más a la academia, ni aún a firmar las nuevas constituciones que se formaron en 5 de noviembre de 673.
Por encargo del cabildo de aquella santa iglesia [ catedral ] grabó al agua fuerte por el gusto pintoresco en 668 tres láminas pequeñas de la custodia famosa de plata de Juan de Arfe, representando en [[cada_uno_de_los_tres_cuerpos_que_contienecada_uno_de_los_tres_cuerpos_que_contiene_-_Valdés_Leal,_Juan|''cada uno de los tres cuerpos que contiene'']], con las mudanzas y adiciones que acababa de hacer en ella el platero Juan de Segura, y otra que comprende toda la [[custodiacustodia_-_Valdés_Leal,_Juan|''custodia'']]. Pagáronle por esta obra 2,500 reales; y aunque está a la ligera, tiene gracia y corrección. Grabó en mayor tamaño también al agua fuerte y con mucha composición y travesura el año de 671 una lámina del [[aparato_que_se_puso_en_la_catedral_para_las_fiestas_de_la_canonización_de_san_Fernandoaparato_que_se_puso_en_la_catedral_para_las_fiestas_de_la_canonización_de_san_Fernando_-_Valdés_Leal,_Juan|''aparato que se puso en la catedral para las fiestas de la canonización de san Fernando'']], que él mismo había [[trazadotrazado_-_Valdés_Leal,_Juan|''trazado'']] y dirigido, acompañado del escultor Bernardo Simón de Pineda; y en 72 otra del adorno que se hizo en la puerta grande de la misma catedral con el propio motivo.
Don Ambrosio Spínola, arzobispo de Sevilla, le encargó en 73 que pintase la vida de san Ambrosio para el oratorio bajo de su palacio, lo que ejecutó al óleo en varios cuadros pequeños y medianos [ [[El_milagro_de_las_abejasEl_milagro_de_las_abejas_-_Valdés_Leal,_Juan|''El milagro de las abejas'']], [[El_nombramiento_de_San_Ambrosio_como_gobernadorEl_nombramiento_de_San_Ambrosio_como_gobernador_-_Valdés_Leal,_Juan|''El nombramiento de San Ambrosio como gobernador'']], [[La_consagración_de_san_Ambrosio_como_ArzobispoLa_consagración_de_san_Ambrosio_como_Arzobispo_-_Valdés_Leal,_Juan|''La consagración de san Ambrosio como Arzobispo'']], [[La_conversión_y_bautismo_de_san_Austín_por_san_AmbrosioLa_conversión_y_bautismo_de_san_Austín_por_san_Ambrosio_-_Valdés_Leal,_Juan|''La conversión y bautismo de san Austín por san Ambrosio'']], [[San_Ambrosio_negando_al_emperador_Teodosio_la_entrada_en_el_temploSan_Ambrosio_negando_al_emperador_Teodosio_la_entrada_en_el_templo_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio negando al emperador Teodosio la entrada en el templo'']], [[San_Ambrosio_absolviendo_al_emperador_TeodosioSan_Ambrosio_absolviendo_al_emperador_Teodosio_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio absolviendo al emperador Teodosio'']], [[San_Ambrosio_recibiendo_la_última_comunión_de_manos_de_San_HonorioSan_Ambrosio_recibiendo_la_última_comunión_de_manos_de_San_Honorio_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio recibiendo la última comunión de manos de San Honorio'']] ], por lo que mandó pagarle 10,000 ducados, incluso el [[dorado_y_estofado_del_oratoriodorado_y_estofado_del_oratorio_-_Valdés_Leal,_Juan|''dorado y estofado del oratorio'']]. Y en 74 dibujó a la pluma y a la aguada la graciosa [[portadaportada_-_Valdés_Leal,_Juan|''portada'']] de un libro que se conserva en el archivo del hospital de la Caridad de Sevilla y contiene los inventarios de los muebles, pinturas y alhajas de esta santa casa; y entre sus partidas hay las de 5740 reales que le pagó la hermandad por los dos mejores cuadros [ [[In_Ictu_Oculi0D271YXZQ5Q704G|''In Ictu Oculi'']] y [[Finis_Gloriae_Mundi86NR03R1TAXZ62B|''Finis Gloriae Mundi'']] ] que pintó y están colocados debajo del coro de su iglesia, y la de 11,000 ducados por el [[dorado,_pintado_y_estofado_de_la_medalla_pintado_y_estofado_de_la_medalla_-_Valdés_Leal,_Juan|''dorado, pintado y estofado de la medalla'']] y [[retablo_mayorretablo_mayor_-_Valdés_Leal,_Juan|''retablo mayor'']] que ejecutó Pedro Roldán.
Pero antes de haber trabajado estas obras, dio en 672 una vuelta a su patria, donde le visitó don Antonio Palomino, principiante entonces en la pintura, a quien corrigió lo que hacía y dirigió por el buen camino, de manera que puede pasar por su maestro, pues desde entonces comenzó Palomino a seguir la pintura con orden de buenos principios. Después de haber pintado Valdés [[algunas_obras_en_Córdobaalgunas_obras_en_Córdoba_-_Valdés_Leal,_Juan|''algunas obras en Córdoba'']] volvió a Sevilla, y vino a Madrid en fines de 74. Asistió a las academias particulares que tenían los profesores en su casa, [[dibujando_dos_y_tres_figurasdibujando_dos_y_tres_figuras_-_Valdés_Leal,_Juan|''dibujando dos y tres figuras'']] en cada noche: vio y observó las pinturas del los templos, palacios reales y del monasterio del Escorial, y se volvió a Sevilla sin haber pintado ninguna obra de consideración; pero sí muchas en esta ciudad, pues con la muerte de Murillo quedó siendo el pintor más acreditado que había en ella. Pero cuando trataba de pintar varios cuadros para la iglesia de los Venerables, fue acontecido de un accidente de perlesía que le dejó incapaz de poder trabajar, del que falleció el día 14 de octubre de 91.
CATEDRAL.
-Un [[Cristo_a_la_Columna_con_verdugosCristo_a_la_Columna_con_verdugos_-_Valdés_Leal,_Juan|''Cristo a la Columna con verdugos'']], detrás del altar mayor de la capilla del sagrario. Sobre las gradas. Hubo otros [[dos_lienzos_de_la_pasióndos_lienzos_de_la_pasión_-_Valdés_Leal,_Juan|''dos lienzos de la pasión'']] en este sitio que perecieron con el temporal. [[San_LorenzoSan_Lorenzo_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Lorenzo'']] en el altar de Santiago: [[san_Ildefonso_recibiendo_la_casulla_de_mano_de_la_Virgensan_Ildefonso_recibiendo_la_casulla_de_mano_de_la_Virgen_-_Valdés_Leal,_Juan|''san Ildefonso recibiendo la casulla de mano de la Virgen'']] en el de San Francisco. Hay [[estampaestampa_-_Valdés_Leal,_Juan|''estampa'']] de este cuadro grabada por Matías de Arteaga.
SAN ANDRÉS, PARROQUIA.
-Algunos [[cuadros_en_la_capilla_de_San_Lucascuadros_en_la_capilla_de_San_Lucas_-_Valdés_Leal,_Juan|''cuadros en la capilla de San Lucas'']].
SAN FRANCISCO.
-[[San_Juan_Bautista_predicando_en_el_desiertoSan_Juan_Bautista_predicando_en_el_desierto_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Juan Bautista predicando en el desierto'']], colocado junto al [[altar_mayor_de_la_capilla_de_los_Vizcaínosaltar_mayor_de_la_capilla_de_los_Vizcaínos_-_Valdés_Leal,_Juan|''altar mayor de la capilla de los Vizcaínos'']].
SAN PABLO.
-La [[aparición_del_Señor__Cristo__a_santa_Catalina_de_Sienaaparición_del_Señor__Cristo__a_santa_Catalina_de_Siena_-_Valdés_Leal,_Juan|''aparición del Señor [ Cristo ] a santa Catalina de Siena'']] en un altar de la capilla de Montserrat.
SAN ANTONIO.
-Todos los cuadros del segundo claustro, que representan [[pasajes_del_fundador_de_la_provincia_de_los_ángeles__fray_Juan_de_la_Pueblapasajes_del_fundador_de_la_provincia_de_los_ángeles__fray_Juan_de_la_Puebla__-_Valdés_Leal,_Juan|''pasajes del fundador de la provincia de los ángeles [ fray Juan de la Puebla ]'']] en la religión de san Francisco. Están desfigurados con retoques que sufrieron el año de 1711.
SAN CLEMENTE EL REAL.
-Dos lienzos grandes en el presbiterio, relativos a la [[vida__de_san_Clementevida__de_san_Clemente__-_Valdés_Leal,_Juan|''vida [ de san Clemente ]'']] del santo titular: un [[san_Fernando_sobre_la_reja_del_corosan_Fernando_sobre_la_reja_del_coro_-_Valdés_Leal,_Juan|''san Fernando sobre la reja del coro'']], y [[otros_cuadros_en_el_altar_del_santo_reyotros_cuadros_en_el_altar_del_santo_rey_-_Valdés_Leal,_Juan|''otros cuadros en el altar del santo rey'']] [ San Fernando ].
MADRE DE DIOS.
-Los dos santos Juanes [ [[san_Juan_Bautistasan_Juan_Bautista_-_Valdés_Leal,_Juan|''san Juan Bautista'']] y san Juan Evangelista ] y otros [[cuadritos_en_un_retablo_que_está_junto_al_corocuadritos_en_un_retablo_que_está_junto_al_coro_-_Valdés_Leal,_Juan|''cuadritos en un retablo que está junto al coro'']].
SAN BENITO DE CALATRAVA.
-Todas las pinturas del altar mayor que representan: Las del primer cuerpo [[la_Virgen_con_san_Benito_y_san_Bernardola_Virgen_con_san_Benito_y_san_Bernardo_-_Valdés_Leal,_Juan|''la Virgen con san Benito y san Bernardo'']], a los lados san Juan Bautista, san Andrés, santa Catalina y san Sebastián: las del segundo san Miguel y a los lados san Antonio Abad y san Antonio de Papua; y en lo alto un Padre eterno. Un Calvario [ Cristo crucificado, la Virgen y san Juan ] y una [ Inmaculada ] Concepción grandes en los colaterales.
LOS VENERABLES.
-[[San_Fernando_en_el_altar_mayorSan_Fernando_en_el_altar_mayor_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Fernando en el altar mayor'']].
MERCED CALZADA.
-La [[AsunciónAsunción_-_Valdés_Leal,_Juan|''Asunción'']] y la [[CoronaciónCoronación_-_Valdés_Leal,_Juan|''Coronación'']] de [ la Virgen ] nuestra Señora en el Presbiterio: el [[nombre_de_Jesúsnombre_de_Jesús_-_Valdés_Leal,_Juan|''nombre de Jesús'']] [ IHS ] y el [[sueño_de_san_Josésueño_de_san_José_-_Valdés_Leal,_Juan|''sueño de san José'']] en el coro, y un [[Eccehomo_en_la_sacristíaEccehomo_en_la_sacristía_-_Valdés_Leal,_Juan|''Eccehomo en la sacristía'']].
LA CLARIDAD.
-Un cuadro grande en el coro que representa la [[exaltación_de_la_santa_Cruzexaltación_de_la_santa_Cruz_-_Valdés_Leal,_Juan|''exaltación de la santa Cruz'']]: los dos excelentes ya citados que están debajo del coro [ [[NY79RT49760U1IL|''In Ictu Oculi'']] y [[NY79RT49760U1IL|''Finis Gloriae Mundi'']] ]: otras cosas al fresco en la [[iglesiaiglesia_-_Valdés_Leal,_Juan|''iglesia'']] y en la [[casacasa_-_Valdés_Leal,_Juan|''casa'']].
REAL ALCÁZAR.
-Algunos [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''cuadros en el salón bajo'']].
PALACIO ARZOBISPAL.
-LA vida de san Ambrosio en varios cuadros del altar y del oratorio bajo [ [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''El milagro de las abejas'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''El nombramiento de San Ambrosio como gobernador'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''La consagración de san Ambrosio como Arzobispo'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''La conversión y bautismo de san Austín por san Ambrosio'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio negando al emperador Teodosio la entrada en el templo'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio absolviendo al emperador Teodosio'']], [[cuadros_en_el_salón_bajocuadros_en_el_salón_bajo_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Ambrosio recibiendo la última comunión de manos de San Honorio'']] ].
SAN JERÓNIMO DE BUENAVISTA.
-seis u ocho cuadros grandes de la [[vida__de_san_Jerónimovida__de_san_Jerónimo__-_Valdés_Leal,_Juan|''vida [ de san Jerónimo ]'']] del santo fundador, y otros que representan [[venerables_de_esta_religiónvenerables_de_esta_religión_-_Valdés_Leal,_Juan|''venerables de esta religión'']] [ de la orden de san Jerónimo ] con figuras del tamaño del natural: todos en la sacristía y son de lo mejor que pintó.
CARMELITAS CALZADOS.
-Los lienzos del atar mayor relativos a la [[vida_de_Elíasvida_de_Elías__-_Valdés_Leal,_Juan|''vida de Elías'']]y de [[EliseoEliseo_-_Valdés_Leal,_Juan|''Eliseo'']]: unas [[santas_de_medio_cuerposantas_de_medio_cuerpo_-_Valdés_Leal,_Juan|''santas de medio cuerpo'']] y [[algún_otro_en_la_iglesiaalgún_otro_en_la_iglesia_-_Valdés_Leal,_Juan|''algún otro en la iglesia'']].
SAN FRANCISCO.
-El de [[San_Andrés,_mayor_que_el_tamaño_del_natural_mayor_que_el_tamaño_del_natural_-_Valdés_Leal,_Juan|''San Andrés, mayor que el tamaño del natural'']], en un [[retabloretablo_-_Valdés_Leal,_Juan|''retablo'']] de la iglesia.
LA PALTERÍA.
-La [[Inmaculada__ConcepciónInmaculada__Concepción_-_Valdés_Leal,_Juan|''[ Inmaculada ] Concepción'']] de nuestra Señora, [[san_Antoniosan_Antonio_-_Valdés_Leal,_Juan|''san Antonio'']] y [[san_Eloysan_Eloy_-_Valdés_Leal,_Juan|''san Eloy'']] a los lados de un [[retablo_que_hay_en_esta_calleretablo_que_hay_en_esta_calle_-_Valdés_Leal,_Juan|''retablo que hay en esta calle'']].
PALCIO
-Un [[Cristo_a_la_columna_con_ángelesCristo_a_la_columna_con_ángeles_-_Valdés_Leal,_Juan|''Cristo a la columna con ángeles'']].