Después de haber fallecido su padre, se estableció en Valladolid, emporio entonces de las bellas artes, y comenzó a descubrir su habilidad en las obras, con que le venían a buscar de todas partes por el gran nombre que su abuelo y padre habían dejado con las suyas. No tenía más de veinte cinco años cuando el cabildo de la catedral de Ávila acordó darle doce ducados por cada marco de plata que emplease en la [[885622custodia_(catedral_de_Ávila)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia [ catedral de Ávila ]'']], que se proponía hacer, según diseño que el mismo Arfe había presentado:convenidas ambas partes en octubre de 1564, se comenzó la obra, y se concluyó el día 12 de mayo de 1571, que se llevó a la iglesia con gran júbilo: pesó entonces 277 marcos, 6 onzas y 4 ochavas y media (I), y pagados otros gastos menudos ascendió su importe a 1,907,403 maravedíes y medio: Tiene de alto dos varas, y se divide en seis cuerpos, unos de hexágonos y otros redondo, con columnas de los órdenes jónico y compuesto, con bajos relieves en los pedestales que representan historias del viejo y el nuevo testamento, con varias estatuas de los [[W8HAYN0F83309V6apóstoles_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''apóstoles'']] y de otros [[QF200KTVDJQTR43santos_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''santos'']], con grupos de otras que representan a [[19X88V5ZVMBNSXOAbrahám_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''Abrahám'']], la [[91C973M1M0PL782transfiguración_del_Señor_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''transfiguración del Señor'']] [ Cristo ] y la [[95TJ5684IWH03NIAsunción_de_la_virgen_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''Asunción de la virgen'']], colocados en el centro de los mismos cuerpos, y en fin con otros [[215OD8YY955BQP6adornos_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''adornos'']] y castilletes de buen gusto, [[PAT8P9H3CDHVNUIrematado_con_una_cru_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''rematado con una cru'']]z.
El año de 1580 se trataba en el cabildo de la santa iglesia[ catedral ] de Sevilla de hacer una custodia superior en tamaño y mérito a cuantas demás había en las demás catedrales del reino, para lo cual habían concurrido plateros de todas partes, y entre ellos el célebre Francisco Merino, a quien se pagó 1000 reales por una [[5204S8LVM24328Vtraza_(catedral_de_Sevilla)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''traza [ catedral de Sevilla ]'']] que había hecho. Se prefirió la de nuestro Arfe, y concluyó la [[custodia__Catedral_de_Sevilla__-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia [ Catedral de Sevilla ]'']] en el de 1587. Entonces el mismo Arfe publicó una descripción de esta pieza [ custodia de la catedral de sevilla ], dedicándola al cabildo, por la que se viene en conocimiento de todo lo que contiene(II). Mientras sus oficiales trabajaban en Sevilla las partes menos esenciales de la custodia por la traza o diseño que él había formado, dio la vuelta a Burgos a tratar de hacer otra custodia para aquella santa iglesia. Convínose con el cabildo en que trabajase lo más principal en Sevilla, por no poder separarse de la que estaba allí dirigiendo, y que lo restante se trabajase en Burgos: Hízose así, y en 1588 otorgó carta de pago ante el escribano Pedro de Espinosa, de 235,664 reales, que se le dieron por su trabajo: la [[534204custodia_(catedral_de_Burgos)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia [ catedral de Burgos ]'']]consta de dos cuerpos, jónico y corintio con columnas revestidas de bajos relieve, festoncitos y otras cosas de buen gusto como en las demás. Dicen que pesa once arrobas (III).
Restituido a Valladolid emprendió la [[750015custodia_(catedral_de_Valladolid)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia [ catedral de Valladolid ]'']] de aquella catedral, que concluyó el año de 1590. tiene dos varas de alto, y pesa 282 marcos de plata y siete ochavas. Se compone de cuatro cuerpos, que son ochavados y redondos con columnas, bajos relieves y otros adornos, con estatuitas y labores de buen gusto.
Estando haciéndola, la santa iglesia de Segovia celebró capítulo el día 22 de junio de 1588 para tratar de hacer otra custodia, por ser vieja y pobre la que tenía, para lo cual se presento una [[096853traza_(catedral_de_Segovia)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''traza [ catedral de Segovia ]'']] de Arfe, y se acordó que la hiciese, y que fuese grande para excusar las andas: lo que no tuvo efecto, porque la [[182521(custodia_catedal_de_Segovia)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''[ custodia catedal de Segovia ]'']] que existe en aquella catedral la ejecutó Rafael González en 1665.
Por aquel tempo trabajó Arfe con su yerno Lesmes Fernández del Moral la [[453426custodia_de_la_santa_iglesia_(catedral)_de_Osma,_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia de la santa iglesia [ catedral ] de Osma,'']] como consta en la inscripción que grabaron el ella, sin poner el año. Aunque no es grane como otras, es muy apreciable por la buena y delicada ejecución de sus estatuitas, bajos relieves y arreglada arquitectura.
Vino después a Madrid con su yerno Lesmes, a quien había enseñado todo lo bueno de su arte; y ambos trabajaron también la [[415972custodia_de_la_hermanad_del_Santísimo_de_la_parroquia_de_san_Martín_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''custodia de la hermanad del Santísimo de la parroquia de san Martín'']] [ el monasterio de San Martín de padres benedictinos se solía contabilizar como parroquia, en la plazuela de las descalzas ], y se les pagó 16883 reales de vellón por su trabajo, teniendo 130 marcos de plata. Se compone de tres cuerpos hexágonos, y cada uno de doce columnas. Tiene estatuitas, bajos relieves, y remata con una linterna y una cruz. En 1590 grabó Arfe en madera ó plomo el [[184279retrato_de_Alonso_de_Ercilla_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''retrato de Alonso de Ercilla'']] para la primera edición de su ''Araucana''. Felipe II le nombró ensayador de la casa de la moneda de Segovia, y estando ejerciendo el empleo en aquella ciudad, mando por real cédula, fecha en el Prado a 30 de noviembre de 1596, que viniese a Madrid para preparar algunas estatuas de bronce que se hacían por dirección de Pompeyo Leoni para los [[619429entierros_del_presbiterio_de_san_Lorenzo_el_real_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''entierros del presbiterio de san Lorenzo el real'']]; y Arfe propuso a S. M. que su yerno Lesmes pasase a Segovia a servir por él en la plaza de ensayador. El Rey vino a ello, con tal de que estuviese examinado y aprobado, pero no más de que por aquel año; aunque S. M. volvió a mandar en 18 de enero de 1598 que siguiese Lesmes en Segovia, respecto de que su suegro no había concluido su encargo. Por escritura otorgada en 6 de mayo de 97 ante Gregorio de Segovia se obligó Arfe a ejecutar sesenta y cuatro bustos de chapa de cobre: treinta y dos [[248224santos_(bustos_de_chapa_de_cobre)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''santos [ bustos de chapa de cobre ]'']], y los otros treinta y dos de [[935305santas_(bustos_de_chapa_de_cobre)_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''santas [ bustos de chapa de cobre ]'']], todo de bulto o relieve entero, y con sus rótulos de los nombres de los nombres de los que había de representar, cuyos huesos se habían de poner en sus huecos, y colocar en el relicario del Escorial, recibiendo por cada busto mil reales de vellón; y S. M. mandó el 17 de febrero de 98, se le pagase a proporción de las entregas que hiciese.
También le ocupó Felipe III, pues se sirvió mandar por cédula, fecha en Madrid a 10 de enero de 1599 se le satisficiese 4054 ducados por una [[133934fuente_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''fuente'']]y [[48QU318J1H89QF9aguamanil_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''aguamanil'']] de plata dorada y esmaltada, que había trabajado para S. M. con figuras resaltadas de dioses y otros ornato, conforme a la tasación de Antonio Miguel, platero del rey.
No he podido averiguar el año ni el pueblo de su muerte; pero sospecho con algún fundamento, fuese entrado el siglo XVII en Segovia ó en Madrid. Además de las obras referidas, ejecutó obras menores, que existen en las catedrales y otras iglesias, como son [[784262cruces_altas_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''cruces altas'']], [[599440cetros_de_coro_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''cetros de coro'']], [[566602báculos_episcopales_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''báculos episcopales'']], [[087968blandones_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''blandones'']], [[815955portapaces_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''portapaces'']], [[188673candeleros_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''candeleros'']] etc.. . Si en ellas dejo pruebas de su práctica y buen gusto en la arquitectura y escultura, no las manifestó menos de la teórica de estas artes y de las matemáticas, y aún de la parte mecánica del arte de platero con los dos libros que escribió, llamado el uno ''Quilatador de oro, plata y piedras'', impreso en Valladolid el año de 157, y el otro el bien conocido con el título de ''Varia conmensuración para la escultura y arquitectura'', en Sevilla el de 1585.
Según el testimonio del padre Burriel diseñó y grabó las láminas del ''Caballero Determinado'', poema de Micier Olivier, traducido del francés al castellano en quintillas, por don Hernando de Acuña, e impreso en Salamanca el año de 1573 por Pedro Laso: obra muy estimada por su verdadero mérito, por su rareza y por sus [[027997estampas_grabadas_en_plomo_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''estampas grabadas en plomo'']].
Comprueban muy bien esto la [[757403escultura_que_hizo_de_marfil_y_oro_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''escultura que hizo de marfil y oro'']] Fidias, famoso y celebrado escultor, y la [[420401casa_de_Ciro_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''casa de Ciro'']], rey de los persas, que de tanta variedad de piedras de diversos colores hizo Mentor, artífice tan afamado, y otras muchas cosas, cuya noticia se hubiera ya borrado de la memoria de las gentes, si los escritores no las hubieran perpetuado con dejarnos hecha mención de ella en sus libros.
De donde ha resultado haberse ido despertando los ingenios de los artífices, que después se siguieron a imitar a las grandes obras de la antigüedad, que cada día vemos irse aumentando y ennobleciendo nuestra España con edificios ilustres de varias materias. Entre los cuales en nuestros días resplandece el maravilloso templo de San Lorenzo el Real, fabricado junto a la villa del Escorial por orden de nuestro muy católico rey Felipe II, que por seguirse en él las reglas de la antigua arquitectura, iguala en suntuosidad, perfección, y grandeza a los más celebres edificios que hicieron los asianos, griegos y romanos; pues cuanto en él excede, muestra verdad y magnificencia, dejando por vanas y de ningún momento las menudencias de resaltillos, estípites, mutilos, cartelas y otras burlerías, que por verse en los papeles y [[208641estampas_flamencas_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''estampas flamencas'']] y[[933993(estampas)_francesas_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''[ estampas ] francesas'']], siguen los inconsiderados y atrevidos artífices, y nombrándolas invención, adornan, o por mejor decir, destruyen con ellas sus obras, sin guardar proporción ni significado, de lo cual como cosa mendosa, he huido siempre, siguiendo la antigua observación del arte, que Vitruvio y otros excelentes autores enseñaron con demostración de los mejores ejemplos antiguos, principalmente en la fábrica de la custodia de plata, que por mandado de V. S. he hecho y acabado para gloria de Dios para esta santa iglesia [ catedral ].
La cual por ser la mayor mejor pieza de plata que de este género se sabe, quisiera dar noticia a todos de su figura y traza por describir el hermosísimo ornato que para ella, por mandado de V. S. ordenó el licenciado Francisco Pacheco, el cual para que fuese muy propio y decente y de magnífica significación, le acomodó a la [[572619traza_de_la_iglesia_católica_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''traza de la iglesia católica'']] , repartiendo por todas partes historias, figuras y hieroglifos, que quedarán con este intento, y particularmente con el misterio del Santísimo sacramento; y quisiera yo hallarme desocupado y con tallador liberal y suficiente para mostrarlas, particularmente en diseño, como las lleva la obra, hechas para mayor satisfacción.
Es esta custodia de figura redonda, dividida en cuatro cuerpos, y alta cuatro varas. Cada cuerpo está fundado sobre veinticuatro columnas con labores de relieves en unas, y otras estriadas. Es el primer cuerpo de orden jónico, adornado con columnas y friso de vides, figuras de niños, etc.. . En el medio la Fe sentada –El año de 1668 se quitó esta estatua de la Fe y se puso en su lugar otra de nuestra señora de la [[9ZP3TA5MN4RIZ00(Inmaculada)_Concepción_-_Arfe_Villafañe,_Juan|''[ Inmaculada ] Concepción'']]- con cáliz en una mano y lábaro en la otra: varias figuras alegóricas, como son, el Entendimiento postrado con esposas en las manos, rindiéndose a la Fe, y la Sabiduría con los brazos cruzados, que reconoce la majestad de la misma; tras un mundo que está a los pies de la Fe se representa una figura encadenada: a los lados de la Fe están san Pedro y san Pablo, y en la clave de la bóveda el Espíritu santo.