En 1575 hizo Vergara el [[modelo_-_Vergara,_Nicolás_(el_mozo)|''modelo'']] de la iglesia de las monjas bernardas de Toledo, llamadas de santo Domingo el antiguo, por el que le pagaron 1576 maravedís. Corrió a su cargo la cantería, de cuyo importe le entregó 26,967 reales el arcipreste Francisco de la Huerta, capellán mayor de la capilla nueva de doña María de Silva en este monasterio, según consta de las cuentas que el mismo arcipreste rindió a don Diego de Castilla, deán y canónigo de aquella santa iglesia [ catedral ] y albacea de la doña María, de lo que había estado a su cargo desde 28 de octubre de 5 7 5 hasta 1.º de noviembre de 81.
Ejecutó después el [[diseño_o_traza_del_sagrario_del_monasterio_de_Guadalupe_-_Vergara,_Nicolás_(el_mozo)|''diseño o traza del sagrario del monasterio de Guadalupe'']] para colocar en él su relicario. Tuvo la dirección de esta obra, y habiendo sentado la primera piedra el año de 95, pudo concluirla antes de su muerte. No así la de la [[capilla_mayor_-_Vergara,_Nicolás_(el_mozo)|''capilla mayor'']]del mismo monasterio, que habiéndola [[trazado_-_Vergara,_Nicolás_(el_mozo)|''trazado'']], la comenzó Monegro.
Pero lo que hace más a nuestro intento y señala mejor el gusto y saber de Nicolás en la escultura es el [[diseño_que_hizo_en_590_del_arca_de_plata_-_Vergara,_Nicolás_(el_mozo)|''diseño que hizo en 590 del arca de plata'']] en que esta el cuerpo de santa Leocadia, ejecutada por el platero Francisco Merino, en cuyo artículo hemos descrito lo que contiene y el mérito de su invención. También referimos en el de Juan Fernández Navarrete el mudo la estrecha amistad que hubo entre los dos, el hospedaje que le hizo en su casa, la asistencia en su enfermedad hasta que falleció en sus brazos el año de 579, y finalmente cuanto trabajó con el corregidor Toledo para la habilitación de la memoria o testamento que había hecho el Mudo en su última. hora. Fue la de Vergara en aquella ciudad el día 11 de diciembre de 1606 con gran sentimiento de sus amigos y pérdida de las bellas artes en España.