Trasladado a Madrid con su amo siguió con más empeño y aplicación este arte bajo la enseñanza de Juan de Toledo; y habiendo llegado a ser aventajado en las [[batallas_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''batallas'']], [[países_(paisajes)_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''países [ paisajes ]'']] y [[cabañas_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''cabañas'']], dejó de servir y se casó con doña Mónica de los Ríos. Don Francisco de Rizi y don Juan Carreño apreciaban su mérito y se valían de él para obras de consideración, ocupándole en [[pintar_en_la_casa_del_marqués_de_Heliche_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''pintar en la casa del marqués de Heliche'']], que esta en el camino del Pardo, y en la capilla del sepulcro de la iglesia de las monjas de San Plácido [ convento de San Plácido de monjas benedictinas en la calle de San Roque ] cuyas [[figuras_adornó_y_pintó_al_temple_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''figuras adornó y pintó al temple'']].
Don Diego de la Torre, su protector, le mandó [[copiar_varios_cuadros_del_Spagnoleto_(españoleto,_Diego_Rivera)_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''copiar varios cuadros del Spagnoleto [ españoleto, Diego Rivera ]'']] que había traído de Nápoles, y pintar otros de su invención, que representan [[santos_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''santos'']], para la capilla que fundó en la iglesia de las monjas de los ángeles [ convento de los Ángeles de monjas franciscanas junto a la plazuela de santo Domingo ] en Madrid, donde se conservan. Pintó también para esta misma iglesia un [[monumento_de_perspectiva_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''monumento de perspectiva'']], un [[altar_para_la_de_santo_Domingo_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''altar para la de santo Domingo'']], con el motivo de la canonización de santa Rosa de Lima y un [[carro_triunfal_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''carro triunfal'']]para su fiesta. Tenía extremado manejo para estas cosas sobre el mal gusto que reinaba entonces, y lo manifestó también en otro altar de perspectiva, que [[trazó_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''trazó'']]y [[pintó_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''pintó'']] para la función que celebraron los mercaderes de Madrid a san Francisco en la iglesia de su convento [ antiguo convento de San Francisco frente a la carrera de San Francisco ]. Gracias a Dios se acabaron estas tramoyas teatrales en los templos, que tantos perjuicios causaron a los buenos retablos, al gusto y adelantamiento de la arquitectura y al decoro de los mismos templos.
Habiendo conseguido la agencia general de los presidios de España con un sueldo decente para vivir, se dejó de pintar estas [[máquinas_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''máquinas'']], ocupándose en los ratos que le permitían sus negocios en los [[bodegoncillos_(bodegones)_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''bodegoncillos [ bodegones ]'']], [[frutas_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''frutas'']] y [[flores_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''flores'']] por el natural, que le prestaba un jardín propio en su casa de la calle de las Infantas, las que pintaba con mucha facilidad y acierto, como se puede ver en unos floreros [ [[florero_-_Pérez_Sierra,_Francisco|''florero'']] ] de su mano, que están en un pasillo que va a la habitación de los infantes en el palacio de Buen Retiro, y en muchas casas particulares de dentro y fuera de Madrid.